I et biologisk toalett omdannes avfallet til kompost og væsken fordamper. Generelt deles biologiske toaletter inn i 2 grupper, store og små systemer. De store kjennetegnes ved at kompostbeholderen plasseres under gulv og toalettstolen inne (Superdassen og Urisep). De små systemene kjennetegnes ved at toalett og kompostering er sammenbygd i en og samme konstruksjon som plasseres rett på gulvet i toalettrommet (Urisep). Valget blir gjerne relatert til den fysiske plassen man har og hvor ofte man aksepterer å tømme. En variant av biologiske toaletter er separasjonstoaletter. Behovet for lagringskapasitet minsker kraftig når urinen, som står for cirka 85 % av avfallet, separeres bort. Det faste avfallet havner i beholderen inne i toalettet.